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没有将张献忠杀死这让张雷感觉到十分不愉快，他耿耿于怀与这件事情以至于连做其他的事情都没有了兴趣，重新回到了巢县来，无聊地看手下训练士兵，粮食已经全部分发了下去，附近两府的百姓们都受了恩泽，更多的人来巢湖参军，张雷又乘机收了两万人，加上自己这一次带出来的人马又凑齐了十万，这是一个很庞大的数字，这个数字大得让崇祯也不愿意看到，于是他起用了重新因为与杨嗣昌政见不和而辞官的孙传庭，名义上是来当张雷的副将，实际上也要随时向崇祯报告张雷的动静。
孙传庭，字伯雅，又字百谷，一字白谷，代州镇武卫人。在孙传庭的一生中。镇压农民起义构成了他军旅生涯的主要内容，其起点始于崇祯八年。这一年的秋天，孙传庭出任验封郎中，后又越级升为顺天府府丞。崇祯九年再擢为右佥都御史。此时，以整齐王为首的农民起义军正雄据商洛之地，严重地威胁着明朝在陕西的统治，陕西巡抚甘学阔多次镇压失利，陕西士大夫请荐孙传庭督秦，孙传庭遂于崇祯九年三月巡抚陕西。孙传庭到任后，令副将罗尚文率明军进击商洛地的起义军，并诛杀了整齐王。不久，农民起义军又在关中地区展开溃潼关斗争，孙传庭在陕西周至的黑水峪之战中镇压了起义军中势力最强的高迎祥部，并俘杀了闯王高迎祥。当陕西的起义军屡遭挫折之际，活动于河南的起义军马进忠、刘国能等十七部进兵渭南。孙传庭急忙联络河南明军对起义军进行围追堵截。崇祯十年初，马进忠等部再渡西折入陕，进袭商州、洛南、蓝田等地。孙传庭率部与各路明军以优势兵力接连打击了起义军圣世王、瓜背王、一翅飞、镇天王等部，才使关中以南地区趋于平定。
孙传庭在主持陕西军务期间，不断扩充自己的军力和粮饷。西安周围原屯积军队两万四千，田地二万余项，后来田地都归属于豪门，兵丁只是虚设在花名册上。孙传庭接管这里后。经过治理，得士卒一万一千，年收税计银十四万五千两，米麦一万三千五百石。为尽早彻底剿灭农民起义军，明廷采纳了兵部尚书杨嗣昌的“四正六隅”的全面围剿方略，并为完成此计划增兵十二万，加派军饷银二百八十万两。但是。孙传庭对此持有异议。他认为：因军兵屡战，多经溃乏受挫之苦，况且连年征战，民力疲竭，此举未必能收到预期效果。由于孙传庭料知他的计划不会被采纳，便着手清点私产。得银两四万八千，并招兵买马，自办围剿所需的人力及资财。当明廷汇集各处上报的招兵募马的数额时，唯独孙传庭的奏疏未送到。素与孙传庭有隙的杨嗣昌于是乘机发难，抱怨朝廷的军法在陕西竟行不通。孙传庭对此上疏申辩道：“使臣如他抚，籍郡县民兵之上，遂谓及额。则臣先所报屯兵已及额矣。况更有募练马步军，数目逾万，何当不遵部议。至百日之期，商、洛之讯守，臣皆不敢委。然使贼入商、洛，而臣不能御，则治臣罪。若臣扼商、洛，而逾期不能灭贼。误则事者必非臣。”
对此，他被杨嗣昌设下的计策弄进了大牢，后崇祯贬斥他为平民放归，如今又重新启用。在得知孙传庭往自己这边过来了之后，张雷是一点儿也不愿意的，对于他来说自己的事情自己就能够做好，不需要其他的任何人来插手。不过既然孙传庭都已经在路上了。他也不可能直接让崇祯收回成命了，不过毕竟他还是有办法的，还在半路上面的时候，张雷就派人送去了百万两白银。让他招兵买马，独立抗击李自成，说是如果两军会和的话会造成部队人数过多，机构臃肿，不利于行军。
现在整个大明王朝二话不说就能够直接拿出来百万两白银的恐怕也就只有张雷了，因为逐步完善的船队能够为他在各个地方赚取巨额的利润，这点钱对于他来说并不算什么大的投入。
孙传庭在拿到这么一大笔钱之后，也认为张雷说的有道理，更加上他也想要率军抗击造反，如果跟在张雷的身边恐怕也只能够起到监视张雷的作用，这是他极为不愿意的，于是便听从了张雷的话，不再继续往巢县去，而是直接就就地征兵十万，抗击李自成。
李自成乍然受到攻击，顿时也有些抵抗不住，龟缩城内不出，孙传庭一边训练到手的这些人马，一边围困李自成，也不进攻，只不过阻止了他继续扩张的步伐。在瓦解了张献忠的攻势之后，卢象升也往北回去和洪承畴一起将清军阻拦在关外，天下再一次安定了。
张雷驻守巢湖地区，对于叛军来说那就是一个威慑，崇祯有了之前的一次教训，也不敢明目张胆地对张雷怎么样了，张雷乐得逍遥，带着人指挥着附近几个府州的百姓进行战后重建工作。
在这里再来说说汝州，公元一三六八年，朱元璋建立朝明，对元行省作了大的改革，改省为“承布宣政司”，只管民政，但人们习惯上仍叫行省，简为省，省下设郡（州）、县。汝州仍为南阳府管辖，将梁县省入汝州，领郏县、鲁山两县。一四七五年四月，在汝州东南设宝丰县，汝州领三县。一四七六年九月，时任兵部左侍郎的汝州人滕昭，以汝州距南阳太远给群众生活带来不便为由，同好友河南布政使原杰联明奏请宪宗皇帝朱见深，将汝州从南阳分出由省直辖，汝州成为河南唯一一个由省直辖的直隶州，由县级州升格为府级。同年十二月，在汝州西部今汝阳县城附近置伊阳县，划原嵩县、鲁山、汝州的部分地区为伊阳地，汝州领鲁宝郏伊四县。明中央掌管吏治的按察使司在地方设立四十一个按察分司，叫巡道，河南有二，分别叫河南道、河北道，河南道驻汝州。